محمد اشرفی اصفهانی در نامه ای به آیت الله اعرافی مدیر حوزه های علمیه کشور نوشت: بسیار متاسفم در نظام جمهوری اسلامی افرادی تحت لباس روحانی از هیچ جنایتی فروگذاری نکرده‌اند با تخریب موسسه فرهنگی شهید محراب و پایین کشیدن تابلو عکس شهید محراب و اهانت به آن عالم و یار امام و تخریب انبار کتابخانه عمومی مسجد و بستن درب پارکینگ عمومی مسجد و پلمب کردن تأسیسات مسجد از هیچ کار زشتی فروگذاری در این چند روز فروگذاری نکرده‌اند آیا این افراد طلبه هستند یا اراذل اوباش؟ تحت فرمان چه کسی هستند از چه کسی فرمان می‌گیرند این‌ها اسراییلی هستند که به غزه و فلسطین جایگاه شهید محراب تجاوز کردند.جناب آیت‌الله اعرافی بنده به‌عنوان موسس و بانی و متولی شرعی این مجموعه رسما توقف و پایان عمر و انحلال حوزه علمیه شهید محراب را به جنابعالی اعلام می‌کنم و از روح پدر بزرگوارم شهید محراب هم استمداد نمودم بنابراین موضوع دارالحکمه هیچ معنا ومفهومی در این مکان مقدس نداشته و ندارد حضرتعالی این موضوع را به مسئولان حوزه تهران اعلام فرمایید.  ماجرای «دارالحکمه» چیست؟چهار سال پیش، محمد اشرفی‌اصفهانی، مسئول حوزه علمیه اشرف‌اصفهانی گفته بود: آقای پناهیان جایی را تحت عنوان «دارالحکمه» تأسیس کردند و از موقعیت و جایگاه حوزه ما استفاده کردند؛ یعنی درواقع ایشان مکان حوزه علمیه اشرفی‌اصفهانی را به‌عنوان مؤسسه دارالحکمه غصب کردند.