پس از انتخاب علیرضا زاکانی به عنوان شهردار تهران توسط شورای شهر ششم، این موضوع با حاشیه‌های زیادی همراه بود و به دلیل اشکال قانونی این قضیه به تأخیر افتاد تا اینکه سازمان امور اداری و استخدامی کشور، که هنوز مدیران دولت دوازدهم در آنجا مشغول به کار هستند، انتصاب زاکانی به عنوان شهردار را بلامانع دانست تا راه برای امضای حکم او توسط وزیر کشور باز شود.شنیده‌ها حاکی از این است که جریان مخالف شهردار شدن زاکانی در حال اقناع اعضای مؤثر شورای شهر تهران برای انتخاب سرپرست شهرداری، یعنی علیرضا جاوید، به عنوان شهردار بودند و درحالی‌که تصور می‌شد موضوع تأیید حکم شهرداری زاکانی کاملاً منتفی است، یک استعلام از سازمان اداری و استخدامی کشور انتصاب زاکانی به عنوان شهردار را بلامانع دانست. وزیر کشور دولت سیزدهم نیز با استناد به همین موضوع حکم شهرداری علیرضا زاکانی را امضا کرد.این انتصاب موجب اعتراضات جدی جریانات سیاسی مؤثر در مجلس و همچنین حامیان غیر پایداری دولت شده و آنها معتقدند زاکانی باید انتصاب خود را مدیون دولت روحانی باشد به دلیل اینکه پس از روی کار آمدن دولت جدید هنوز تغییری در مدیران سازمان استخدامی کشور اتفاق نیفتاده و مدیران دولت دوازدهم در این سازمان مشغول به کار هستند و علی‌رغم مخالفت رحمانی فضلی موجب صدور حکم شهرداری برای زاکانی شدند.یعنی حکم شهردار شدن علیرضا زاکانی را سید ابراهیم رئیسی و عبدالرضا رحمانی فضلی تأیید نکردند ولی سازمان اداری و استخدامی آن را تأیید کرد. این قضیه هم با انتقادات جدی مواجه شد و صریح‌ترین‌ها واکنشی است که عبدالله رمضان زاده، سخنگوی دولت اصلاحات، داشته و در توئیر جمله «قانون یعنی کشک!» را نوشته و زیر آن «#زاکانی» را آورده است. البته برخی تحلیلگران موضوع را از زاویه دیگری دیده‌اند و معتقدند: «جمشید انصاری از روز اول تا آخر تمام مجوزهای استخدام را قفل کرد. لذا عملاً بدنه دولت در اختیار گروه رئیس‌جمهور اسبق و دیگران بود. این دوستان بیش‌ترین ضربه را به اصلاحات در دولت روحانی زدند. الآن هم لابد فکر می‌کند با این خوش‌خدمتی در پست خود ابقاء می‌شود».