انتخاب فیلم‌های سینمایی برای شرکت در بخش مسابقه جشنواره فیلم فجر، در برخی مواقع به‌اندازه داوری فیلم‌ها، با حواشی و اعتراض‌هایی همراه بوده است. در هر دوره‌ای و با حضور هر هیئت انتخابی، همواره کارگردانانی بوده‌اند که نسبت به انتخاب نشدن فیلمشان برای حضور در بزرگ‌ترین رقابت سینمایی اعتراض داشته‌اند. چندی پیش مدیرکل دفتر جشنواره‌ها و همکاری‌های بین‌الملل سازمان سینمایی، درباره انتخاب نشدن فیلم‌ها توسط هیئت انتخاب، در گفت‌وگو با خبرگزاری مهر گفت: «معمولاً هیئت انتخاب با ملاحظات تشکیل‌شده و فیلم‌ها را انتخاب می‌کند، معتقدم اگر یک سال این فرصت فراهم‌شده که آن ممیزی خاص اعمال نشود، باید این اتفاق را به فال نیک گرفت. بسیاری از فیلم‌سازان فکر می‌کردند در منظومه جشنواره جایی ندارند، اما حالا فرصتی پیداکرده‌اند که آثارشان داوری شود. من این مدل از برگزاری جشنواره فیلم فجر را می‌پسندم، درواقع این فرصتی برای کسانی است که خود را محق می‌دانستند که در جشنواره حضورداشته باشند و امسال کسی نیست که بخواهد آن‌ها را حذف کند. اگر شخصاً قرار بود برای برگزاری جشنواره تصمیم بگیرم حتماً این روند را در دوره‌های بعدی نیز ادامه می‌دادم، زیرا در شرایطی که فیلم‌سازان با این سختی‌ها و هزینه‌ها فیلم می‌سازند حق‌دارند که فیلم‌هایشان در جشنواره فیلم فجر داوری شود. حال اینکه در داوری چه ملاحظات و معیارهایی در نظر گرفته می‌شود، هنوز مشخص نیست.»