علی مطهری نایب رئیس دهمین دوره مجلس شورای اسلامی درباره چالش‌های پیش روی دولت سیزدهم توضیح داد: رئیس جمهور منتخب با دو گونه چالش روبه‌رو است، چالش‌های داخلی و چالش‌های خارجی. درباره چالش‌های داخلی می‌توان گفت آقای رئیسی باید دوباره اعتماد مردم به حکومت را جلب کند، چرا که به علت مشکلات کنونی که برخی ریشه اقتصادی و برخی ریشه سیاسی دارند بخشی از مردم از مسئولین فاصله گرفته‌اند و دولت سیزدهم باید این فاصله را برطرف کند. لازمه این کار توجه به تمامی اقشار جامعه و خواسته‌های آنهاست تا عوامل این کم‌اعتمادی از بین برود.نایب رئیس پیشین مجلس درباره آزادی بیان در دولت سیزدهم گفت: آقای رئیسی باید به مسئله آزادی بیان اهمیت داده و مراقب باشد تا فضای خفقان در کشور حاکم نشود چرا که یکی از انتقادهای مردم همین کمرنگ شدن آزادی بیان است.مطهری درباره چالش‌های خارجی پیش روی دولت جدید نیز بیان کرد: رئیس جمهور منتخب باید روابط کشورمان را با سایر کشورهای جهان تقویت کند. اولین اقدام وی باید بهبود روابط با همسایگان به ویژه عربستان، امارات و سایر کشورهای اسلامی مثل مصر و اردن باشد. باید توجه داشت که تحقق آرمان‌های انقلاب اسلامی بدون همکاری و اتحاد کشورهای اسلامی امکان‌پذیر نیست. برای مثال آرمان آزادی فلسطین بدون اتحاد کشورهای اسلامی در عمل محقق نخواهد شد. فاصله کنونی ما با کشورهای اسلامی مثل عربستان خواست رژیم صهیونیستی است و عدم ارتباط ایران با آن‌ها به سود این رژیم.