فرجی که پیش‌تر با سرخ ها به توافق نهایی رسیده بود، امروز در باشگاه پرسپولیس حضور یافت و قراردادش را با پرسپولیسی ها بست تا به خرید سوم این تیم در زمستان تبدیل شود.
بعد از نیم فصل ماجراجویی پرسپولیس برای جذب مدافع، در نهایت فرشاد فرجی به جمع سرخپوشان پیوست.
با جدایی شجاع خلیل زاده از پرسپولیس این تیم در نیم فصل اخیر ماجرایی عجیب برای جذب جانشین داشت. از ایمان سلیمی، حجت حق وردی، علیرضا ابراهیمی، علی نعمتی و در نهایت فرشاد فرجی جز گزینه‌هایی بودند که پرسپولیس تلاش خود را برای انتقال آنها به این باشگاه دنبال کرد و اکنون کار فرشاد فرجی نهایی شد. او با حضور در ساختمان این باشگاه کار حضورش را به سرانجام رساند.