مختار ادعای نیابت از محمد بن حنفیه (فرزند امام علی) را داشت و او را «مهدی» می‌نامید. برخی، از جمله ابراهیم اشتر، نسبت به این ادعا تردید داشتند یا آن را نپذیرفتند. این تفاوت دیدگاه نسبت به رهبری دینی و سیاسی باعث دوری ابراهیم از مختار شد.
همچنین مختار در سپاه و حکومت خود از غیر عرب‌های تازه‌مسلمان، عمدتاً ایرانیان استفاده زیادی میکرد و آن‌ها را در مناصب بالا قرار می‌داد. این مسئله باعث نارضایتی برخی از اعراب کوفه، از جمله ابراهیم اشتر، شد که خود را سزاوارتر می‌دانستند.
ابراهیم فرزند مالک اشتر یک فرمانده نظامی برجسته بود که در جنگ‌های مختلف، از جمله نبرد با عبیدالله بن زیاد، نقش مهمی در پیروزی سپاه مختار داشت. اما مختار در مواردی دست او را بست یا اختیارات او را محدود کرد. این حس رقابت و محدود شدن قدرت نیز به جدایی انجامید.
در ادامه، مصعب بن زبیر (فرماندار عراق از سوی برادرش عبدالله بن زبیر) توانست ابراهیم را به سوی خود جذب کند. برخی منابع می‌گویند که مصعب وعده‌هایی به ابراهیم داد که مختار نداده بود یا از تحقق آن عاجز بود. ابراهیم در نهایت به سپاه مصعب پیوست و در نبرد با مختار در کوفه، در کنار مصعب ایستاد.
جدایی بین مختار و ابراهیم اشتر بیشتر از آن‌که شخصی باشد، ریشه در تفاوت‌های فکری، اجتماعی و سیاسی داشت. مختار به نوعی نماینده عدالت‌خواهی بر اساس آموزه‌های اهل بیت بود، در حالی که ابراهیم اشتر گرچه شیعه بود، اما دیدگاه سنتی‌تری نسبت به رهبری و ساختار قدرت داشت.
منابع:
1. تاریخ طبری
نام کامل: تاریخ الرسل والملوک، اثر ابوجعفر محمد بن جریر طبری
در جلد پنجم، طبری به شرح قیام مختار ثقفی و سپس تقابل او با مصعب بن زبیر می‌پردازد. در آنجا آمده که ابراهیم اشتر ابتدا با مختار همکاری داشت، اما پس از اختلافات و تلاش مصعب، به سپاه زبیریان پیوست.
نکته مهم: طبری نقل می‌کند که ابراهیم در ابتدا تمایلی به همراهی با مصعب نداشت، ولی با اصرار قبایل کوفه و وعده‌هایی از سوی مصعب، در نهایت پذیرفت به او بپیوندد.
2. الاخبار الطوال از ابوحنیفه دینوری
دینوری نیز به موضوع جدایی ابراهیم از مختار اشاره می‌کند و نقش تغییرات سیاسی و وعده‌های مصعب را مؤثر می‌داند.
3. مقاتل الطالبیین از ابوالفرج اصفهانی
این منبع که به قیام‌های علویان می‌پردازد، شرح می‌دهد که مختار پس از فاصله گرفتن ابراهیم، ضربه‌ی مهمی خورد و توازن قدرت به نفع زبیریان تغییر کرد.
4. انساب الاشراف از بلاذری
بلاذری هم به خروج ابراهیم اشتر از سپاه مختار و پیوستن او به مصعب اشاره کرده و گزارش‌هایی مشابه طبری دارد.